Botnia-Atlantica-ohjelman organisaatio koostuu useammasta toimielimestä jotka vastaavat ohjelman toteutuksen eri tehtävistä. Alla on kuvattu toimielinten roolit lyhyesti.
Hallintoviranomainen
Hallintoviranomainen sijaitsee Västerbottenin Lääninhallituksessa ja vastaa ohjelman hallinnon ja toteutuksen tehokkuudesta ja oikeudellisuudesta. Hallintoviranomainen tekee hankkeiden tukipäätökset Ohjauskomitean priorisoinnin perusteella. Hallintoviranomaisella työskentelevät Ohjelmajohtaja ja Ohjelmaekonomit. Ohjelmaekonomit vastaavat tuen maksamisesta hankkeille.
Ohjelmasihteeristö
Ohjelmasihteeristön vastuulla on käsitellä hankehakemukset Ohjauskomitean priorisointia ja Hallintoviranomaisen päätöstä varten. Sihteeristö myös tiedottaa ohjelman rahoitusmahdollisuuksista ja tukee hankkeita hakemusvaiheesta toteutukseen. Sihteeristö sijaitsee Uumajassa, Västerbottenin lääninhallituksessa ja sillä on toimipiste Vaasassa Pohjanmaan liitossa. Hankkeiden norjalainen osuus käsitellään Bodössä, Nordland fylkeskommunessa.
Seurantakomitea ja Ohjauskomitea
Ohjelman Seurantakomitea varmistaa yhdessä Hallintoviranomaisen kanssa, että ohjelma toteutetaan tehokkaasti ja korkeatasoisesti. Seurantakomitea koostuu keskus- ja aluehallinnon, elinkeino-organisaatioiden ja muiden asianmukaisten toimijoiden edustajista. Ohjauskomitea koostuu osasta Seurantakomitean jäsenistä ja ohjauskomitean pääasiallinen tehtävä on priorisoida hankehakemuksia.
Jäsenet Seurantakomitea (March 2022)
Jäsenet Ohjauskomitea (March 2022)
Tiedostuspisteet
Ohjelmaan osallistuvilla alueilla on nimetyt tiedotuspisteet joiden vastuulla on tiedottaa Botnia-Atlantica-ohjelmasta omalla alueellaan. Tiedostuspisteet sijaitsevat ohjelma-alueen paikallisilla tai alueellisilla viranomaisilla ja ne tekevät yhteistyötä Hallintoviranomaisen ja Sihteeristön kanssa oman alueen sidosryhmien tavoittamiseksi. Tiedotuspisteet voivat tukea hanketoimijoita viittaamalla muiden alueiden yhteistyöhenkilöihin tai avustamalla hankkeita suunnitteluvaiheessa.
Kansallinen valvonta
Kansallisen valvonnan (FLC) tehtävä on tarkistaa hankkeiden raportoimien kustannusten laillisuus ja oikeudellisuus. Ruotsissa kansallinen valvonta on keskitetty, eli valvonnan suorittaa nimetty viranomainen, Västerbottenin Lääninhallitus. Suomen hajautettu järjestelmä tarkoittaa, että jokaisen tuensaajan on hankittava tilintarkastaja jonka Työ- ja elinkeinoministeriö hyväksyy. Norjassa tarkastuksesta vastaa Nordland Fylkeskommune.
Tarkastusviranomainen
Ohjelman tarkastusviranomaisena toimii Ruotsin Ekonomistyrningsverket, joka vastaa hankkeiden ja ohjelman hallinto- ja valvontajärjestelmien tarkastamisesta.