Ohjelmakaudella 2014–2020 Botnia-Atlantica-alue kattaa kuusi aluetta/lääniä sekä yhden kunnan kolmessa maassa. Suomessa alueeseen kuuluvat Keski-Pohjanmaan, Pohjanmaan ja Etelä-Pohjanmaan maakunnat, Ruotsissa Västerbottenin ja Västernorrlannin läänit sekä Nordanstigin kunta Gävleborgin läänissä ja Norjassa Botnia-Atlantica-alueeseen kuuluu Nordland fylke.

Ohjelma-alueella on kaksi maiden välistä rajaa: meressä kulkeva raja Suomen ja Ruotsin välillä, sekä Ruotsin ja Norjan välinen maaraja. Meressä kulkevaan raja-alueeseen kuuluvat Merenkurkku ja sen pohjois- ja eteläpuolella olevat Pohjanlahden alueet. Pohjanlahden meri ja saaristo ovat yhteinen resurssi rajan molemmilla puolilla oleville alueille. Yhteisen geologisen historian muodostama merellinen perintö on myös perusta yhteiselle maailmanperinnölle joka koostuu Korkeasta rannikosta ja Merenkurkun saaristosta.

Tunturit ovat resurssi sekä Ruotsille että Norjalle luonto- ja virkistäytymismahdollisuuksien vuoksi, jonka lisäksi ne muodostavat yhteisen matkailukohteen.