Ohjelma-alueen itä-länsisuuntaisiin yhteyksiin panostaminen edistää saatavuutta EU:ssa. Tavoitteena on, että Botnia-Atlantica-alueen läpi kulkeva väylä kehittyy taloudelliseksi, ympäristöystävälliseksi ja tehokkaaksi kuljetusvaihtoehdoksi Suomessa, Ruotsissa ja Norjassa ja luo näin ollen edellytykset kuljetusten jatkamiselle edelleen esimerkiksi Venäjälle ja EU:hun. 

Toimintalinjassa Kuljetus on yksi erityistavoite:        

Esimerkkejä toimenpiteistä, jotka voivat saada tukea:

• Parempia itä-länsisuuntaisia liikenneyhteyksiä edistävien oleellisten aineistojen laatimista tukevat aktiviteetit, esimerkiksi suunnitelmat ja strategiat TEN-T-verkostoihin liittymiseksi, niitä ovat esimerkiksi merten moottoritiet (Motorways of the Sea), suunnitelmat ja strategiat tavarakuljetusten kestävän multimodaaliliikenteen aikaansaamiseksi sekä suunnitelmat ja strategiat teknisten ja organisaatioihin liittyvien pullonkaulojen poistamiseksi
• Yhteistyö joustavan ja kestävän henkilöliikenteen mahdollistamiseksi