Hankkeen kustannuksille tulee olla muusta toiminnasta erillinen kirjanpito ja kustannusten tulee tukipäätöksen mukaan kuulua hankkeen toimintaan. Tukea maksetaan kansallisen valvonnan hyväksymien kustannusten perusteella.

Välittömät kustannukset ovat tukikelpoisia, jos:

• ne ovat aiheutuneet normaalin toiminnan lisäksi
• ne on viety tuensaajan kirjanpitoon
• tuensaaja on maksanut ne
• ne ovat hankkeen toteutuksen kannalta välttämättömiä
• ne liittyvät hankepäätökseen budjetin ja toiminnan osalta
• ne ovat aiheutuneet hankekauden aikana
• tuensaaja voi vahvistaa ne vaadituilla asiakirjoilla
• ne noudattavat julkisen kilpailutuksen tai muita liiketoiminnallisia ehtoja

Botnia-Atlantica-ohjelman hankkeet voivat raportoida kustannuksia seuraaville kustannuslajeille:

• Henkilöstökustannukset
• Toimisto- ja hallintomenot
• Matka- ja majoituskustannukset
• Ulkopuoliset asiantuntija- ja palvelukustannukset
• Laitemenot
• Kiinteämääräiset kustannukset (flat rate)

Kustannuslaji Toimisto- ja hallintomenot koskee vain niitä tuensaajia, jotka eivät voi tilittää epäsuoria kuluja. Muiden tuensaajien tulee raportoida toimistotiloihin ja hallintoon liittyvät kulut kustannuslajille Kiinteämääräiset kustannukset, joka lasketaan määrättynä prosenttiosuutena (15 %) tuensaajan henkilöstökustannuksista.